In tutta la Puglia il clima è tipicamente mediterraneo: le zone costiere e pianeggianti hanno estati calde, ventilate e secche e inverni miti e piovosi.
Le precipitazioni, concentrate durante l'autunno inoltrato e l'inverno, sono scarse e per lo più di carattere piovoso. Tuttavia, sul Subappennino Dauno, il Gargano e l'Alta Murgia le estati sono fresche e durante l'inverno non sono rare le precipitazioni nevose e le nebbie notturne, anche persistenti. I valori medi di piovosità sono ovunque compresi tra i 450 e i 650 mm annui, pertanto una certa piovosità si registra sul Gargano e sul Subappennino Dauno, dove i rilievi esercitano un'azione di cattura dei venti e dove cadono più di 1.000 mm annui.
Considerando le dieci stazioni meteorologiche presenti in Puglia, in media le temperature minime di gennaio sono comprese tra 1,3°C di Monte Sant'Angelo e 7,5°C di Santa Maria di Leuca, mentre le massime di luglio vanno dai 24°C di Monte Sant'Angelo ai 30,6° di Foggia Amendola.
Tra i fenomeni meteorologici estremi della Puglia, si registra l'insolita ondata di alta pressione africana che a giugno 2007 in tutta la regione portò le temperature ben al di sopra dei 40°C, con picchi di 48°C nel barese e a Foggia.
A dicembre dello stesso anno, si registrarono temperature particolarmente rigide, con precipitazioni nevose di circa 10 cm anche sulla costa.
Tra gli altri fenomeni meteorologici insoliti, si annovera un tornado F3 (venti quindi intorno ai 260 km/h) che, nel 1976 colpì Sava, determinando precipitazioni molto intense e venti di fortissima intensità che causarono ingenti danni.
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